当代医学知网查重的原理主要是通过比对已有文献和待查文献的相似度来判断文献的原创性。知网会对文献中的文字进行分析，然后与数据库中的文献进行比对，最终生成查重报告。

此外，当代医学知网查重还会考虑文献中的引用部分，通过比对文献中的引用文献与数据库中的文献，判断文献的引用是否符合规范。同时，知网还会检测文献中的图片、表格等内容，确保文献的完整性和原创性。